Исследования ученых из Биологической станции Доньяна показывают, что популяция пиренейского волка сталкивается с генетическим кризисом, угрожающим выживанию этого подвида. Несмотря на расширение ареала обитания по сравнению с историческим минимумом 1970-х годов, изоляция отдельных групп привела к росту близкородственного скрещивания. На Пиренейском полуострове показатели инбридинга сейчас являются одними из самых высоких среди всех мировых популяций волков.

Генетический анализ выявил, что в Кантабрийских горах существуют три обособленные группы хищников – восточная, центральная и западная. Между ними отсутствуют явные географические барьеры, однако обмен особями между стаями практически прекратился. Подобная фрагментация снижает способность животных приспосабливаться к заболеваниям и изменениям климата. Ранее на полуострове фиксировали двенадцать материнских гаплотипов, но многолетнее преследование со стороны человека свело это разнообразие к минимуму.
Возможностью для восстановления популяции биологи называют появление в Пиренеях волков итальянского происхождения. Их интеграция способствует притоку новых генов и может снизить последствия долгой изоляции. Подобный опыт преодоления генетического тупика ранее успешно применялся в других регионах мира.
Ситуация осложняется внутренними конфликтами вокруг регулирования численности хищника. Международный союз охраны природы определяет статус пиренейского волка как уязвимый в Испании и находящийся под угрозой исчезновения в Португалии. Согласно европейской Директиве о сохранении естественной среды обитания, охота на виды с неблагоприятным охранным статусом должна быть ограничена. Тем не менее региональные власти некоторых испанских территорий продолжают выдавать разрешения на отстрел, что ведет к судебным разбирательствам.
Научные исследования также ставят под сомнение эффективность отстрела волков как способа защиты домашнего скота. Изъятие отдельных особей разрушает социальную иерархию стаи. Лишившись структуры, молодые волки чаще нападают на доступную добычу – овец и коз. Экологи подчеркивают, что использование сторожевых собак породы мастиф, электроизгородей и охрана пастбищ дают более надежный долгосрочный результат, не разрушая экосистему, в которой волк регулирует численность диких копытных и сдерживает распространение болезней.